على الرغم من فوائد معقم اليد الذي يحتوي على نسبة عالية من الكحول، إلا أنه يمكن أن يؤدي إن تكرر استعماله كثيرا إلى جفاف الجلد، ويصبح الأمر مشكلة حقيقية لدى الأشخاص الذين يعانون من الأمراض الجلدية، مثل الإكزيما.
وتستخدم بعض الشركات مواد كيميائية أخرى، مثل الكلور، المعروف بقدرته على قتل الفيروسات، لكن وضع الكلور على اليد مباشرة يمكن أن يؤدي إلى الإصابة بالحروق.
ويجب العلم أنه في حالة اتساخ اليدين، فلا يستطيع الكحول الموجود في معقم اليد الوصول إلى جميع الفيروسات العالقة بالجلد، والقضاء عليها.
وزيادة على ذلك أن الكحول يقتل الجراثيم المفيدة النافعة للجلد، مما يجعل اليد أسرع تشققا، وبهذا تكون أكثر استقبالا للجراثيم التي تدخل مباشرة لداخل الجسم..